رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی خطاب به آیت الله سیستانی برای ایشان شفای عاجل مسالت کردند.متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
حضرت آیت الله آقای حاج سید علی سیستانی دامت برکاته خبر عارضه ی کسالت جنابعالی موجب نگرانی شدید گردید.
از خداوند متعال مسئلت می کنیم که شفا و عافیت عاجل به آن جناب مرحمت فرماید و سلامت آن وجود محترم را که تکیه گاه معنوی ملت عراق می باشید به شما بر گرداند.
جنابعالی همواره در طول سالهای متمادی پشتیبان استوار معنوی و روحی برای آن ملت مظلوم بوده اید و امروز هم علیرغم خواست دشمنان و نظر بد اندیشان، همانگونه است و دعا برای شما، دعا برای سعادت ملت عراق است. از خداوند متعال دفع شر بیگانگان و اشغالگران ظالم و متجاوز را از ملت مسلمان عراق و همه ی ملتهای مسلمان مسئلت می کنم .
سید علی خامنه ای
83/5/21