در پی درگذشت عالم خدمتگزار و قرآن پژوه آیت الله آقای حاج شیخ محمدهادی معرفت رحمه الله علیه، حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی پیام تسلیت صادر فرمودند. متن پیام به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت عالم خدمتگزار و قرآن پژوه آیت الله آقای حاج شیخ محمدهادی معرفت رحمه الله علیه را به حوزه ی علمیه و علما و فضلای قرآنی و مردم وفادار قم و به خانواده و فرزندان محترم ایشان تسلیت می گویم. این روحانی عالی مقام خدمات ارزشمندی در زمینه ی تحقیقات و تألیفات دینی به ویژه در تفسیر و علوم قرآنی به جامعه ی علمی کشور عرضه داشته اند و تألیفات ایشان یادگارهایی ماندنی به شمار می آید. ایشان همچنین در عرصه های مجاهدات ملت ایران در دوره های گوناگون حضور داشته اند و فرزندشان در دفاع مقدس به فیض شهادت رسیده است. از خداوند متعال علو درجات این فقید سعید را مسألت می کنم.
سیدعلی خامنه ای
1/11/1385